בת חפר  נבנה מערבית ובצמוד לקו הירוק, במקום בו שכן קודם לכן קיבוץ "יד חנה סנש", שניפרד כמה שנים קודם לכן מקיבוץ האם שלו, יד חנה, תוך כדי מחלוקת אידיאולוגית עזה. "יד חנה סנש" לא הצליח לשרוד זמן רב, והתפרק סופית בשנת 1972.
בת חפר הוקמה כחלק מתוכנית ישובי הכוכבים של אריאל שרון, על שרידי קיבוץ "יד חנה סנש", ומבנה סניף בני במושבים בו – מועדון הנוער של היום - הוא המבנה היחיד ששרד מאותה תקופה.
תחילה נקראה בת חפר על ידי הגורמים הממשלתיים - משרד השיכון ומנהל מקרקעי ישראל - בשם סוכו (ענף של אילן), בעקבות שם הישוב הקדום "שוכה", ממנו בא אנטיגונוס איש סוכו, מאנשי "כנסת גדולה". השם נבע מהעובדה, שיש חוקרים המזהים את מיקומה של שוכה בשמו של הכפר הערבי שוויכה, השוכן כ 1000 מטרים מזרחית לבת חפר, מעברו של הקו הירוק.
עם פירוק "יד חנה סנש" הועברו אדמותיה לרשות קיבוץ "רגבים", כך שבת חפר הוקמה בעצם על אדמות קיבוץ "רגבים".
בת חפר החלה לעלות על הקרקע בשנת תשנ"ה 1995, לאחר שמספר חברות קבלניות זכו במכרזים להיות  חברות משכנות מטעם משרד השיכון, ונכנסו לעבודות הקמת תשע מתחמי שכונות. השכונה העשירית נבנתה כשכונת "בנה ביתך", כאשר רבים מתושביה היו "בנים ממשיכים", בני ישובי עמק חפר הותיקים.
במקביל לחברות הקבלניות, נבנו בישוב התשתיות והפיתוח.
בת חפר  אוכלסה על ידי עשרת המשפחות הראשונות ביום ט"ו באב תשנ"ו 31.07.1996.
המשפחות הראשונות חיו כחודש ימים ללא אספקת חשמל ומים סדירה, וללא שאר תשתיות חיוניות.
במהלך התקופה בה נבנתה החומה, והמעבר היה חופשי מכיוון טול-כרם ושוויכה, סבלה בת חפר מפריצות וגניבות רכבים, כאשר העקבות, רובן ככולן, הוליכו מזרחה.
מאורעות "מנהרת הכותל ", ספטמבר 1996, הביאו את ראש המועצה דאז, נחום איצקוביץ, ללחוץ על מערכת הביטחון להשלים את חומת ההפרדה, וכך, כבר בשנת 1996, הושלמה בבת חפר אחת משתי חומות ההפרדה הראשונות בארץ. החומה נמתחה לאורך כ-1.7 ק"מ, על תוואי הקו הירוק, מול הכפר הערבי-פלסטיני הגדול שוויכה. עם השלמת הגדר והחומה, חל מפנה משמעותי לטובה, רמת הביטחון עלתה, ונפסקו הגניבות והפריצות כמעט באופן מוחלט.
במאורעות 2000 (האינתיפאדה השנייה) התגלתה חומת ההפרדה כהכרחית, והייתה חיונית ביותר להמשך התנהלות החיים השלווים בישוב.
לאחר מאורעות 2000, הוארכה החומה בעוד כ 500 מטר ובשנת 2006 הוגבהה לכל אורכה. כיום מהווה החומה חלק מגדר ההפרדה הארצית.
במהלך כל תקופת האינתיפאדה השנייה,  גילו תושבי בת חפר סבלנות ובגרות , ולמרות חששם של מכרים להגיע למקום, נמשכו החיים בישוב כסדרם.
עם שיפור המצב הביטחוני, לאחר מבצע "חומת מגן", החל בבת חפר גל ביקושים גבוה מאד לבתים. מחירי הבתים בישוב האמירו באופן משמעותי, בת חפר הפכה למקום מגורים איכותי ומבוקש מאוד, וכיום הביקוש לבתים בישוב עולה עשרת מונים על ההיצע.
תקופת המאורעות, כמו גם המאבק המוצלח לצמצום ההשפעות של כביש 6, שהביא להנמכת תוואי הכביש  באופן משמעותי, גיבשו את קהילת בת חפר ותרמו באופן משמעותי לקשר בין התושבים. מעז יצא מתוק. השפעת כביש 6 על הישוב חיובית ביותר, ובת חפר, השוכנת סמוך למחלף ניצני עוז, הפכה נגישה וקרובה יותר לכל מקום בארץ.
"פארק דרך ארץ", שהוקם ע"י חברת "חוצה ישראל" להנאת תושבי המקום, "נמתח" לאורך חלקו המערבי של הישוב. אורכו כמעט 2 ק"מ, והוא חוצץ בין כביש 6 לבת חפר. לעת עתה הסתיימו עבודות השלב הראשון בפיתוח הפארק. בעתיד צפוי הפיתוח להמשיך ולהשתלב בשיקום מפל בת חפר (ראה "נקודות עניין בבת חפר" בהמשך) ובמערכת שבילי אופנים כלל אזורית.
בשנים האחרונות הולכת ותופסת בת חפר את מקומה כבירת עמק חפר, והיא ידועה כישוב ששוררת בו אווירה מצוינת לצמיחת משפחות באווירה קהילתית,ירוקה ואכפתית, וכאחד הישובים הקהילתיים האיכותיים בישראל.
עקב הצרכים והביקוש החיצוני ההולך וגובר, שוקדים פרנסי הישוב כיום על תוכניות ההרחבה לבת חפר, וקידום בניית הבריכה והמרכז המסחרי.